1999 год - наши дни

Альбом RHCP "Californication" продолжает держаться в «10-ке лучших альбомов», а "Around The World" и "Scar Tissue" не прекращают крутить по всем крупным радиостанциям. В 1999 г. официальный сайт команды, который был создан коллективными усилиями Блэки (отца Кидиса), Старлой, Джоном и Терри награждён в номинации «Лучший веб-сайт» от MTV Video Music Awards. Лидер из области производителей программного обеспечения, корпорация «Macromedia», изумленная дизайном веб-сайта, дважды награждает его. Такие каналы, как MTV и VH1 запрашивают позволения на использование материалов веб-дизайнера сайта, Терри, в своих заставках.

Концертами в Европе продолжается тур в поддержку альбома "Californication", который включает в себя концерты в Бельгии, Англии, Голландии, Франции и грандиозное шоу на Красной Площади Москвы перед 200 тыс. зрителей. Гастроли продолжаются и в 2000 г..

В 2001 году «Перцы» приступают работать над своим 8 студийным альбомом, продюсерской работой которого снова занимается Рик Рубин. К началу 2002 года «Red Hot Chili Peppers» завершается работа над новым музальбомом, который получил название "By The Way". Официальный релиз этой пластинки проводился 8-го июля этого года, причем по результатам первых 2-х недель продаж в чарте «Billboard» альбом "By The Way" обрёл 2-ю позицию. Видеоклип на заглавную композицию альбома номинирован на «MTV Video Music Awards».

В 2003 г. RHCP проводят мировое гастрольное турне в поддержку своего альбома "By The Way". В множестве стран этот альбом многократно признан платиновым.

12 октября 2009 г. «Red Hot Chili Peppers» вернулись в студию звукозаписи, для работы над своим новым альбомом. По словам Чэда следующий альбом команды должен выпуститься в 2010 году. По причине работы над сольной карьерой 16 декабря 2009 года было официально обнародовано заявление об уходе Фрусчанте из команды. Потенциальным кандидатом на его место считается Джош Клингхоффер, бывший сессионный гитарист. 2 января 2010 г. он официально дал подтверждение о своём вступлении в RHCP.